Бедствия России времен Смуты начала XVII века коснулись и Дудина монастыря, т. к. рядом неоднократно появлялись то отряды тушинцев, то литовцев
Предания, связанные с историей Дудина монастыря, сохранили сведения, что его дважды посетил Сергий Радонежский; в монастыре делал остановку для передышки великий князь московский Василий Васильевич. Незадолго до этого татары разбили под Суздалем русские полки, захватили в плен московского князя Василия и увезли его в ставку хана, что была на волжском кургане на месте нынешнего Волгограда.
Заплатив за себя огромный выкуп, в сопровождении ханских мурз (князей), согласившись отдать татарскому царевичу Касимов, удрученный и подавленный выпавшими на его долю неудачами (впоследствии его еще и ослепят дядья и двоюродные братья), князь остановился в Дудине монастыре. Есть другие сообщения, что в этом монастыре проездом из Москвы в ставку Орды останавливался великокняжеский гонец-посол Бегич.
После присоединения к Московии царем Иваном IV Грозным в 1552 г. Казанского ханства, а в 1556 — Астраханского военная угроза от Волжско-Камского Понизовья сошла на нет. Дудин монастырь стал быстро расширяться, расстраиваться и богатеть. Ему в XVI столетии принадлежали деревни Тетерюгина на речке Дуброславке, Болотец, Польцо, Дубенки, Тредворцы, Чернцово и др., а также множество разбросанных по окрестным лесам заимок и починков.
После 1597 года, когда в монастырь был сделан боярином, князем Никитой Ивановичем Одоевским богатейший денежный вклад «по родителей своих на помин», настоятель обители мог начать большое строительство по обновлению монастырского комплекса.
Найденная в центральных московских архивах опись монастыря 1621 года воссоздает исторический образ обители со всеми необходимыми для него подробностями: «В Березопольском стану, на берегу Оки реки, под увалом, в полугоре Амвросиев Дудин монастырь, а в монастыре церковь Успение пречистые Богородицы, древяна... Да на монастыре ж храм святого великочудотворца Николы, древянной. На колоколнице 6 колоколов да часы боевые, стоят над святыми воротами, да колокол Благовестник, а в нем 44 пуда. Да под монастырем на берегу Оки храм древян Ильи Пророка. В монастыре около Никольского храма с просторной трапезной был пристрой, в нем 12 рубленых братских келий, далее шла высокая ограда в «заметь». Из святых ворот в сторону Оки, вниз, к берегу были выложены бревенчатые настилы спуска. Святые ворота выглядели мощной крепостной башней с флюгером-прапором над кровлей в виде трубящего ангела.
Дудину монастырю были приписаны 2 села, слободка, 16 деревень и 2 пустоши с 258 жилыми крестьянскими и бобыльскими дворами. В 1670 году их число увеличилось до 421 двора.
Получаемые с приписных крестьян и бобылей ежегодные доходы позволили властям Дудина монастыря развернуть в нем каменные работы.
В ноябре 1676 года Дудин монастырь перешел в ведение нового патриарха Иоакима и стал его домовой обителью. Уже 2 февраля 1677 года в обители по личному указу патриарха заложили каменный Успенский собор. На обряд закладки здания храма из Москвы был доставлен образ Успения Богородицы, который впоследствии станет храмовой иконой собора.