Расположенный на главном речном пути средневековой Руси Дудин монастырь за свою многовековую историю пережил неоднократные разорения и опустошения от проходивших по нижегородчине отрядов татар и ногайцев. Однако, сделанные в свое время великими московскими и нижегородскими князьями щедрые вклады, позволяли инокам после разорения и пожаров довольно быстро восстанавливать святую обитель.
Уже к середине XVI столетия эта обитель, видимо, являлась традиционным русским монастырем с рубленными деревянными храмами, жилыми кельями и различными хозяйственными постройками, живописно расположенными по террасам на высоком берегу Оки.
Более чем за трехсотлетнюю историю Дудина монастыря им управляло порядка
38 настоятелей. Среди них большинство имели игуменский сан, но были и архимандриты. Из летописи Нижегородского Вознесенского Печерского монастыря известно, что в 1596 гoдy, 21 июня, при обретении мощей преподобного Иоасафа Печерского присутствовал «Дудина монастыря игумен Евфимий с братией…», который управлял им в период с 1592 по 1606 год. Имя этого игумена становится известным в 1610 году, когда он yжe был настоятелем Московского Новоспасского монастыря и являлся участником посольства Филарета Никитича и Авраамия Палицына под Смоленск. В 1612 гoдy архимандрит Евфимий подписался под грамотой Нижегородского князя Д.М. Пожарского «отстоять Москву или положить за неё живот». С 1613 гoдa он вновь был настоятелем Дудина монастыря, но уже в сане архимандрита. Другой настоятель архимандрит Пафнутий 17 февраля 1620 года был хиротонисан в архиепископа Тверского, а бывший игумен Палладий (Юрьев) в 1758 гoдy становится епископом Рязанским и Муромским.